Уплата налога за счет собственных средств не допускается (п. 9 ст. 226 НК РФ). Получается, что Вами не исполнена обязанность налогового агента по удержанию и перечислению НДФЛ. Перечисленные суммы налогом не считаются.
Цитата:...перечисление в бюджет суммы, превышающей сумму фактически удержанного из доходов физических лиц налога на доходы физических лиц, не является налогом.
(из письма ФНС РФ от 19.10.2011 № ЕД-3-3/3432@)
Согласно ст. 123 НК РФ неправомерное неудержание и (или) неперечисление (неполное удержание и (или) перечисление) в установленный настоящим Кодексом срок сумм налога, подлежащего удержанию и перечислению налоговым агентом,влечет взыскание штрафа в размере 20 процентов от суммы, подлежащей удержанию и (или) перечислению.
Цитата:Вопрос: В случае отсутствия у налогоплательщика учета перечисленного НДФЛ в разрезе каждого физического лица, каким образом должен производиться расчет пени (в целом по организации или отдельно по каждому физическому лицу) и имеет ли налоговый орган право привлечь налогового агента к ответственности в случае отсутствия такого учета?Ответ: Согласно ст. 24 Кодекса налоговыми агентами признаются лица, на которых в соответствии с Кодексом возложены обязанности по исчислению, удержанию у налогоплательщика и перечислению налогов в бюджетную систему Российской Федерации.При этом, в соответствии с пунктом 1 статьи 230 Кодекса налоговые агенты обязаны вести учет доходов, полученных от них физическими лицами в налоговом периоде, предоставленных физическим лицам налоговых вычетов, исчисленных и удержанных налогов в регистрах налогового учета по каждому налогоплательщику.В случае, если налоговым органом в ходе проведения проверок налоговых агентов выявляются факты отсутствия учета объекта налогообложения по налогу на доходы физических лиц в разрезе каждого физического лица, организация подлежит привлечению к ответственности, предусмотренной статьей 120 Кодекса за грубое нарушение правил учета доходов и (или) расходов и (или) объектов налогообложения.В соответствии с пунктом 6 статьи 226 Кодекса налоговые агенты обязаны перечислять сумму исчисленного и удержанного налога не позднее дня фактического получения в банке наличных денежных средств на выплату дохода, а также дня перечисления дохода со счетов налоговых агентов в банке на счета налогоплательщика либо по его поручению на счета третьих лиц в банках.Для исполнения обеспечения указанной обязанности либо исполнения указанной обязанности в более поздние по сравнению с установленным законодательством о налогах и сборах сроки статьей 75 Кодекса предусмотрен способ обеспечения в виде начисления сумм пени.Согласно пункту 3 статьи 75 Кодекса пеня начисляется за каждый календарный день просрочки исполнения обязанности по уплате налога, начиная со следующего за установленным законодательством о налогах и сборах дня уплаты налога или сбора. На основании пункта 7 статьи 75 Кодекса правила, предусмотренные указанной статьей, распространяются на налоговых агентов.Таким образом, в случае уплаты налоговым агентом причитающихся сумм налогов в более поздние по сравнению с установленными законодательством о налогах и сборах сроки, пени начисляются налоговому агенту в целом по организации с учетом даты получения дохода каждого физического лица и сроков удержания НДФЛ по каждому физическому лицу.
(из письма ФНС России от 29.12.2012 г. № АС-4-2/22690)